Проблема заключалась в том, что после обновления ОС(с Апреля до Декабря 2011 работал без обновления) плагины в Эклипсе перестали работать. Это относится к PDT и SVN. Других не было.
Переустановка плагинов не удавалась так как они уже присутствовали в системе. Обычной переустановкой самого Эклипса через Центр Приложений проблему решить не удалось. Методом тыка и поиском по форумам удалось получить рабочее решение:
1. Удаляем Эклипс в Центре Приложений.
2. $sudo apt-get autoremove eclipse
3. $sudo rm -r /usr/lib/eclipse
4. Устанавливаем Эклипс.
5. Снова удаляем его. Да да :)
6. Устанавливаем Эклипс и все необходимые плагины. Не забываем запустить Эклипс как $sudo eclipse. Это ошибка появившаяся после покупки компании Java Ораклом.
